1958年1月,达扬任职期满,退出现役,在工党内阁中担任了5年农业部部长。1967年5月下旬,随着10万埃及军队逼近以色列边界,纳赛尔再次宣布封锁蒂朗海峡,一些阿拉伯国家纷纷把军队交给埃及统一指挥。总理艾蒂科尔一时不知所措,总参谋长拉宾也突然病倒。在以色列国民的一致呼吁下,达扬出任国防部长,担负起拯救以色列国家的重任。
在他的提议下,总参谋部制订出先发制人的攻击计划。6月5日凌晨,以色列空军首先向埃及等国空军发起攻击,至中午,将埃及、叙利亚和约旦等国空军的飞机消灭,牢牢地掌握了战场制空权和主动权。在此后的6天中,其地面部队在空军支援下,横扫西奈半岛,攻占加沙、圣城耶路撒冷和戈兰高地,使阿拉伯人又一次被迫接受城下之盟。达扬的声望一时在国际上达到顶点,成为20世纪60年代最耀眼的将星之一。
然而,六天战争的胜利却使达扬陷入自我陶醉之中,他不相信阿拉伯人还能赢得一场新的战争。于是,国防费用和一线防御兵力被大幅度削减,战争开始被人们淡忘。
1973年10月6日,埃及和叙利亚军队全线突破以军防线,达扬因毫无准备一度陷入惊慌失措。但他很快又恢复了往日的从容,同总参谋长等一道作出先在北线打垮叙利亚军队,再南下打败埃及军队的决定,并亲抵前线参与指挥了突破苏伊士运河、切断埃军退路的军事行动,再一次领导军队力挽危局。