康有为著《新学伪经考》辨析今古文,实启导于廖平。但对于此点,康有为素来忌讳莫深,不愿承认。而廖平对此则直言不讳,一而再再而三地向世人指出这一点。反复向世人强调,外间所传康有为的《孔子改制考》,即祖述《知圣篇》,《新学伪经考》即祖述《辟刘篇》,而多失其宗旨。总之,廖平认为康有为的两部重要著作都与他的《知圣篇》《辟刘篇》有关。
对于康有为的《新学伪经考》可能因袭廖平著作的问题,廖平不仅在各种场合进行宣传,而且在当时也曾直接致信康有为进行争辩,然而康有为则始终不愿承认其思想见解直接来源于廖平,但曾协助其编写《新学伪经考》的大弟子梁启超对此则直言不讳。他曾明确指出,康有为早年酷好《周礼》,为古文经学,后见廖平所著书,乃尽弃其旧学。显然,康有为的《新学伪经考》有受之于廖平者,但其论证、阐发的基本路数似乎是康有为的发明,并不与廖平的学术思路完全一致。换言之,康有为的《新学伪经考》肯定受到廖平的思想影响,只是在当时的情况下康有为不愿承认而已。但是到了后来,当康有为比较能够冷静地反省自己的学术道路的时候,他还是多少交待了自己的学术渊源关系。他在1917年所作的《新学伪经考后序》中比较隐晦地承认《新学伪经考》的一些观点与廖平的某些见解暗合,但他依然不愿意坦率地承认他曾受到廖平的直接影响,甚至以为廖平的见解没有他的《新学伪经考》来得彻底,而是介于今古文之间的模糊看法。