康有为著《新学伪经考》辨析今古文，实启导于廖平。但对于此点，康有为素来忌讳莫深，不愿承认。而廖平对此则直言不讳，一而再再而三地向世人指出这一点。反复向世人强调，外间所传康有为的《孔子改制考》，即祖述《知圣篇》，《新学伪经考》即祖述《辟刘篇》，而多失其宗旨。总之，廖平认为康有为的两部重要著作都与他的《知圣篇》《辟刘篇》有关。
对于康有为的《新学伪经考》可能因袭廖平著作的问题，廖平不仅在各种场合进行宣传，而且在当时也曾直接致信康有为进行争辩，然而康有为则始终不愿承认其思想见解直接来源于廖平，但曾协助其编写《新学伪经考》的大弟子梁启超对此则直言不讳。他曾明确指出，康有为早年酷好《周礼》，为古文经学，后见廖平所著书，乃尽弃其旧学。显然，康有为的《新学伪经考》有受之于廖平者，但其论证、阐发的基本路数似乎是康有为的发明，并不与廖平的学术思路完全一致。换言之，康有为的《新学伪经考》肯定受到廖平的思想影响，只是在当时的情况下康有为不愿承认而已。但是到了后来，当康有为比较能够冷静地反省自己的学术道路的时候，他还是多少交待了自己的学术渊源关系。他在1917年所作的《新学伪经考后序》中比较隐晦地承认《新学伪经考》的一些观点与廖平的某些见解暗合，但他依然不愿意坦率地承认他曾受到廖平的直接影响，甚至以为廖平的见解没有他的《新学伪经考》来得彻底，而是介于今古文之间的模糊看法。